El Centro de Investigación Diseño Artesanal y Comercialización Cooperativa (Cidac) y la Asociación de Artesanas y Artesanos del Campo son las entidades que impulsaron la investigación y el rescate de las culturas del Oriente boliviano durante más de 30 años. Como resultado de ese trabajo es que el Museo Artecampo alberga una colección de piezas contemporáneas de los grupos étnicos guaraníes, ayoreos, guarayos, chiquitanos y comunidades interculturales. Este lugar cuenta con salas de exhibición y también organiza actividades culturales y artísticas, así como ferias y cursos especializados.
El Museo de Arte Contemporáneo (MAC) es único -en su género- en Bolivia. Se dedica a la difusión de las diversas expresiones artísticas a escalas local, nacional e internacional. Cuenta con salas de exposición, dos patios dedicados a la cultura, una Biblioteca de Arte y una importante preservación de arte.
El Museo de Historia es una unidad dependiente de la Universidad Autónoma Gabriel René Moreno (UAGRM), que funciona desde 1996 y tiene como misión la difusión de la historia y la cultura departamental y nacional. Los pilares que sustentan los museos en general y a este en particular son: preservar, investigar, exponer y difundir. En función a ellos se crearon las reparticiones del Museo.
El Museo de Historia Natural Noel Kempff Mercado de la Universidad Autónoma Gabriel René Moreno fue creado en 1986 y actualmente es reconocido con una certificación de Institución Científica Nacional Autorizada, otorgada por la Autoridad Ambiental competente del país. El Museo, además de albergar una colección científica, se dedica a generar conocimiento, investigación, extensión, capacitación y/o educación a estudiantes, docentes, representantes de las comunidades locales y de la sociedad en general para promover la conservación y el uso sostenible de los recursos naturales.
El Museo de la Ciudad Altillo Beni (MAB) es un espacio construido en una vieja casona, con más de 170 años de existencia en la urbe. Se dedica a la difusión de las diversas expresiones artísticas (local, nacional e internacional). Cuenta con un museo, un patio colonial, un subsuelo, una terraza y dos salas de exposición.
El Museo de la Independencia Cruceña difunde las historias de las batallas más importantes, que derivaron en la independencia cruceña. Es impulsado por la Sociedad de Estudios Geográficos e Históricos de Santa Cruz.
El Museo Etnográfico de Santa Cruz de la Sierra se encuentra en el interior del Centro Cultural Villa Primero de Mayo, que descansa sobre la populosa zona homónima del distrito 7. Este lugar acoge toda la investigación de la desaparecida etnomusicóloga e incansable gestora cultural Yolanda Cabrera. Ella investigó sobre los orígenes de los pueblos ancestrales del Oriente boliviano, viajó por las 15 provincias del departamento cruceño y anotó todo lo que vio, escuchó y sintió. Quizá, no existan otros registros tan importantes como los de esta profesora. Dejó una invaluable y única exposición sobre la forma de vivir de ayoreos, chiquitanos y otros nativos de la selva amazónica. Se encuentran registrados sus ritmos, vestimentas, danzas, instrumentos y varios aspectos relacionados con la etnografía de cada comunidad.
El Museo Guaraní Isoseño inició sus actividades en junio de 2004 respondiendo a la necesidad de valorar y difundir la cultura guaraní en ámbitos urbanos y rurales fortalecidos. Cuenta con una instalación física que le permite exhibir y relacionar los bienes y valores patrimoniales de las 27 comunidades que establecieron su origen fundacional. Están integrados a la Capitanía del Alto y Bajo Isoso.
El 26 de febrero de 2013 el Comando en Jefe de las FFAA del Estado dispone la creación de la Academia Boliviana de Historia Militar Filial Santa Cruz. Después, el 24 de septiembre de 2014, se crea el Museo, con la misión de fomentar la investigación historiográfica militar y respaldar los sucesos históricos con rigor documental y base científica. Así se difunde la cultura histórica, militar y cívica.
El Museo Histórico Nacional Tgral. Germán Busch Becerra se encuentra en el interior del Colegio Militar de Aviación (Colmilav). Se fundó el 29 de mayo de 1998. Expone elementos relacionados con la vida del extinto presidente de Bolivia, Germán Busch Becerra y también sobre la vida militar y la aviación en el país.
El Museo Vargas comenzó a funcionar en las redes sociales un 3 de noviembre de 2017. Se trata de un proyecto familiar impulsado por la familia Vargas. Busca rescatar, restaurar y mostrar al público la historia a través de aquellas piezas antiguas que marcaron varias épocas. El 18 de mayo de 2024 se hizo la apertura oficial en su sede de la Zona La Colorada.