El Museo de Historia es una unidad dependiente de la Universidad Autónoma Gabriel René Moreno (Uagrm), que funciona desde 1996 y tiene como misión la difusión de la historia y la cultura departamental y nacional. Los pilares que sustentan los museos en general y a este en particular son: preservar, investigar, exponer y difundir. En función a ellos se crearon las reparticiones del Museo.
Para la preservación del patrimonio histórico, documental, arqueológico y cultural del departamento de Santa Cruz, el Museo posee el Archivo, la Biblioteca y la Hemeroteca, además de sus colecciones arqueológicas y pictóricas debidamente fichadas como exigen las autoridades nacionales de Cultura. La investigación es una de las funciones más importantes del Museo y, aunque los primeros años fue muy difícil realizarla, se organizaron ciclos de conferencias sobre historia cruceña.
En 2003 se realizó la primera versión del Congreso Sudamericano de Historia, que reunió a más de 170 investigadores de todas las nacionalidades para discutir las temáticas de la investigación histórica. En 2007 se creó el Centro de Estudios Cruceños para formar jóvenes investigadores y desarrollar una cultura de la investigación en Ciencias Sociales. En cuanto a las exposiciones, el Museo exhibe muestras permanentes referidas a la historia y cultura local y muestras temporales sobre temáticas variadas. Para la difusión de la historia se realizan cursos, talleres, foros, debates y seminarios.